Για το ζυμάρι
Σε μία βαθιά μπασίνα (μπόλ)ρίχνουμε το αλεύρι με το αλάτι, το ελαιόλαδο το χυμό λεμόνι και το νερό και ζυμώνουμε καλά για 5-10 λεπτά μέχρι να γίνει μία σφιχτή ζύμη, αφήνουμε στην άκρη να ξεκουραστεί για μισή ώρα τουλάχιστον.
Πλένουμε τα μάραθα τα στεγνώνουμε καλά και τα ψιλοκόβουμε, τα βάζουμε σε ένα βαθύ μπόλ μαζί με το ελαιόλαδο και τα ψιλοκομμένα κρεμμύδια, το αλάτι και το πιπέρι και τα ανακατεύουμε τρίβοντας τα συγχρόνως με τα χέρια μας καλά, τοποθετούμε σε ένα σουρωτήρι για να φύγει η πολύ υγρασία.
Χωρίζουμε τη ζύμη στα τέσσερα και με τον πλάστη ανοίγουμε κάθε κομμάτι σε ένα φύλλο, με 1 κουπάτ διαμέτρου περίπου 15 εκατοστών ή ένα πιάτο ορεκτικού όπως έκαναν οι γιαγιάδες μας, κόβουμε στρογγυλά φύλλα, παίρνουμε ένα φύλλο βάζουμε από πάνω ομοιόμορφα σε όλη την επιφάνεια αφήνοντας λίγο κενό στις άκρες, από το μείγμα του μάραθου, παίρνουμε άλλο ένα φύλλο και σκεπάζουμε από πάνω, με ένα πιρούνι πιέζουμε λίγο τις άκρες να κολλήσουν τα φύλλα μεταξύ τους, κάνουμε το ίδιο σε όλα τα φύλλα και φτιάχνουμε τις μαραθόπιτες.
Βάζουμε ένα τηγάνι στη φωτιά να κάψει περνάμε την επιφάνεια της μαραθόπιτας  με  λίγο λάδι  με τη βοήθεια ενός πινέλου και ψήνουμε 2-3 λεπτά από κάθε πλευρά προσεκτικά να μην τις κάψουμε.
Αφήνουμε 2-3 λεπτά και σερβίρουμε χλιαρές τις μαραθόπιτες

• Tips
  Ανά περιοχή στην Κρήτη μπορεί να δείτε τις μαραθόπιτες να τις έχουν κλείσει οι τετράγωνες ή σε κάποιο άλλο σχήμα.
  Μπορεί να δείτε τις μαραθόπιτες να τις φτιάχνουν με τη λογική τι σφακιανής πίτας δηλαδή ένα μπαλάκι ζύμης και ένα ίδιου μεγέθους μπαλάκι από τα μάραθα, τα κλείνουμε ομοιόμορφα και ανοίγουμε με τα χέρια ή έναν μικρό πλάστη σε σχήμα στρογγυλό. (Μία αρκετά πιο δύσκολη διαδικασία που χρειάζεται τεχνική και εμπειρία).
  Προσοχή το τηγάνι να μην είναι στην πιο υψηλή θερμοκρασία